长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）是一类转录本长度超过200nt、不编码蛋白的RNA。lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”，不具有生物学功能。然而，近年来的研究表明lncRNA能在表观遗传、转录及转录后水平上调控基因表达，与人类疾病的发生、发展和防治都有着密切联系。由于lncRNA数量庞大，大多数lncRNA的功能不明确，是RNA生物学研究的新领域，因此近年来lncRNA逐渐成为生命科学研究的热门领域。

一、上海艾博思生物推出lncRNA芯片服务 HOT!

      lncRNA研究的重要一步是发现与特定疾病相关的lncRNA。传统的lncRNA筛选方法（SELEX等）效率低下，假阳性率高。而基因芯片具有覆盖全面、高效、准确的特点，因此用基因芯片来筛选lncRNA是一种准确快捷的方法。

     上海艾博思生物对广大客户的需求，运用全新的lncRNA芯片，并利用Agilent公司专利的SurePrint技术制造。为您提供完善的基因芯片技术服务，并完成数据分析，提供完整的实验报告。

二、IBSBIO Human lncRNA芯片

1.   芯片介绍：

芯片名称                           物种         格式         基因数目

ncRNA  microarray人（human）80*60K  30000lncRNA+30000mRNA

2.应用领域：

1）筛选在不同组织中差异表达的lncRNA； 
2）筛选在不同组织中差异表达的mRNA； 
3）对lncRNA和mRNA进行共表达分析，预测lncRNA可能发挥的功能。

3.lncRNA数据来源：

覆盖29,971条lncRNA，选自各大lncRNA数据库(lncRNA-DB, NCBI_refseq, Ensembl, UCSC Genome Browser, Agilent ,NCBI_unigene ,ncRNASCAN, NCBI_other ).

三、上海艾博思服务流程

1.   实验流程:

样品RNA抽屉、质检→ cDNA/aRNA样品合成和标记→芯片杂交→洗涤、染色、扫描→图像采集和数据分析

2.   数据分析流程：

lncRNA芯片数据→lncRNA差异表达基因的筛选→对lncRNA重新注释

                              mRNA差异表达基因的筛选→GO分析，pathway分析

                                    lncRNA与mRNA共表达分析

四、应用案例

1.定制芯片研究lncRNA在不同细胞系中的表达差异

      科学家们利用Agilent定制小鼠lncRNA芯片，寻找到在胚胎干细胞（ES）、神经元前体细胞（NPC）和终末分化成纤维细胞（FIB）中差异表达的一批lncRNA，同时发现这些lncRNA的表达情况与它们启动子区H3K4me3和H3K27me3的甲基化有关。在胚胎干细胞中，lncRNA表达量低，同时它们启动子区H3K27me3的甲基化程度高。而如果在胚胎干细胞中敲除DNA甲基化酶Ezh2，那么lncRNA的表达量会升高。这样的结果对于研究lncRNA的表达调控具有重要意义。 

原文：Role of H3K27 methylation in the regulation of lncRNA expression. Cell Res. 2010 October

五、参考文献

1. Amaral PP, Clark MB, Gascoigne DK, Dinger ME, Mattick JS (2011). lncRNAdb: a reference database for long noncoding RNAs. Nucleic Acids Res 39: D146-151. 
2. Pruitt KD, Tatusova T, Maglott DR. NCBI reference sequences (RefSeq): a curated non-redundant sequence database of genomes, transcripts and proteins. Nucleic Acids Res. 2007 Jan;35(Database issue):D61-5. Epub 2006 Nov 27. 
3. Rinn,J.L.,et al.,Functional demarcation of active and silent chromatin domains in human HOX loci by noncoding RNAs. Cell,2007.129(7):p.1311 23.