蛋白质定性分析是指利用质谱法进行蛋白质鉴定和序列分析。质谱技术具有较好的灵敏度、分辨率、准确度，随着质谱技术的不断发展和成熟，利用质谱法进行蛋白质定性分析愈来愈广泛。

蛋白质定性分析分为两种策略：

(1) top-down分析策略：完整的全长蛋白质经过离子化后进入质量分析器，通过测定蛋白质离子质量和串联质谱分析鉴定蛋白质序列。

(2) bottom-up分析策略：存在于溶液或者凝胶电泳条带中的蛋白质经过蛋白酶（如胰蛋白酶）酶解消化成较小肽段片段，这些肽段再进入质量分析器。最后通过肽指纹图谱或者串联质谱法进行肽段鉴定，该方法是通过对肽段序列的鉴定推断蛋白质序列。

目前，bottom-up分析策略被更广泛的应用于蛋白质定性分析工作。

根据使用仪器可分为：MALDI-TOF/TOF

                                         LC-ESI-MS/MS

根据样本类型可分为：蛋白质全谱分析（即shotgun分析）

                                         蛋白质胶条/混合液分析

                                         蛋白质胶点分析