速度

减少分析样本时间，从数月到数天，从数周到数小时。快速地分析数据可以让您有足够多的时间来获得足够的样本和结果。



客观性

减少主观影响以及复杂数据带来的繁重人工检查。逐步的有指导的分析可以帮助您在不同实验和实验室之间重复结果。



统计性

产生完整的数据集合以便进行有效的多元统计分析。可视化并分析复杂生物数据之间的联系，帮助您得到可靠的结论。



产品优势

Ø 定量分析所有的肽段，并伴随独立的LC-MS/MS鉴定。使得MS/MS鉴定低丰度肽段以及数据独立分析成为可能；

Ø 利用蛋白信息自动校正定量肽离子分析，帮助您回答生物学问题；

Ø 不需要驻留时间或ID匹配，支持蛋白鉴定；

Ø 能够处理复杂的样本，减少了预蒸馏时间，简化样本控制，并允许你进行更多的重复实验；





产品特性

当前的Progenesis LC-MS版本完全响应用户需求，能在最大程度上满足非标LC-MS数据分析需要。Progenesis LC-MS以工作流的形式将分析步骤组织起来，极大方便了用户的使用。



数据导入

支持常见文件格式: .mzXML、 Waters .RAW、Thermo .RAW, Agilent .d 和 .NetCdf文件。

峰值建模和数据去除能够减少文件大小，同时又不丢失数据精度。您可以导入、浏览和分析单个LC-MS数据文件，并且迅速构建针对目标LC-MS/MS的包含列表(inclusion list)。

数据对齐

自动驻留时间对齐，创建单个聚合数据集，其中包括所有肽离子。TIC视图可以确认自动对齐的精度，提供了附加质量检查，并且增加了结果可信度。人工向量可以用来对齐结果。








非标检测和定量

检测到的特征轮廓图来自于所有实验结果肽离子的叠合。这些轮廓应用到单次实验中，可以进行检测和定量。检测敏感度可以调整，可以设定最小驻留时间窗口，所有在短时间内通过的肽段可以被排除，您可以利用这种方法来完全控制特征检查过程。

成熟的检测算法可以处理复杂的样本，并忽略重叠的肽离子。它同样能够区分条纹和肽离子。 高度精确的检测结果可以大大节省后续分析的时间。它同样产生完整的数据集，以便从多元统计分析中得到可靠的结果。







数据过滤

根据您设定的范围准则移除相应的肽离子。您可以使用电荷或同位素个数来突出显示被排除的数据。过滤掉不必要的数据可以在后续分析中节省大量时间。



正规化

您可以从散点图上看到正规化的结果和因子。您可以校正以保证实验质量。您可以选择使用原始数量或正规化数量。例如，假设肽段的数量发生了显著改变，您可以关闭正规化选项。







建立实验设计

建立实验设计，以进行您所需要的所有比较。您可以选择建立“主题之间”比较，亦可以建立“主题内”实验设计，例如时间过程实验。



查看结果-肽离子选择

您可以按照肽离子的统计顺序来查看所有实验设计的结果。肽离子根据ANOVA分析的p-value值来排序。任意编辑检测到的肽离子都是作用在叠合结果上，并且影响到所有轮次的结果。

一个综合数据表格包含所有相关信息。肽离子可以使用标签以多种方式来分组，以便挖掘复杂的关系或者快速产生MS-MS鉴定的包含列表。








Progenesis Stats

Progenesis Stats是一个非常容易使用的工具，你可以用它来进行强大的统计分析，以得到可靠的结论。主成分分析(PCA)、相关性分析、统计效能分析和q-values(p-value假阳性率调整)都包括在这个分析模块中。

这些检验可以帮助您分析：

l 实验数据的聚类。用来验证假设，并用于创建实验分组，并指明异常数据；

l 在表达图谱形式上肽段的相似性，有助于找到更多相关肽段；

l 实验统计效能；可以告诉您，从得到可靠结果的角度，是否已经进行了足够多次数的重复实验。



肽段搜索

简单、可视化方法验证并选择MS/MS图谱，进行数据库搜索。可供选择的工具包括：Mascot, Phenyx, ProteinLynx Global SERVER(PLGS)等。搜索结果导入后，鉴定结果自动显示在相应肽离子旁边。您可以设定选项过滤谱以减少谱数据的大小，以便搜索引擎能够处理，这样做也有助于改进搜索结果质量。






肽段过滤

从数据库搜索导入肽段和蛋白的鉴定结果后，您可以在这个阶段使用一系列综合范围准则来过滤结果以减少不正确的鉴定结果。例如，您可能想过滤假想蛋白(hypothetical proteins)、低分值蛋白或是不正确物种蛋白。因此，您可以节省浏览数据的时间，并迅速集中于相关数据。








蛋白视图

在此视图上，您可以将定量LC-MS数据和定量LC-MS/MS数据综合在一起，浏览感兴趣的蛋白，例如ANOVA检验中不同实验组之间变化最显著的蛋白。假如一段肽序列同时与多个蛋白相关联，则可以非常容易地解决“冲突肽段”。您还可以利用标签突出显示感兴趣的蛋白。








报告结果

最终的报告以HTML格式展示，可以将此结果与您的同事共享。LC-MS实验的集合视图可以显示出选定的感兴趣蛋白。报告是交互式的，然后点击蛋白，显示相关肽段。您可以导出所有肽段和蛋白，包括原始数据用于谱计数。










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